Zgodovinsko obdobje Egipta se je začelo na prelomu tretjega in četrtega tisočletja pred Kristusovim rojstvom. Starodavna kulturna tradicija, pod vplivom vsiljivcev in notranjih pretresov, je trajala do sprejetja krščanstva v četrtem stoletju našega štetja. Skoraj tri tisoč let in pol so se seznam in funkcije egiptovskih bogov bistveno spremenile. Egiptovski bogovi so pridobili lastnosti in imena, značilna za njihove sosede - Asirce, Hetiti, Hiksi, Heleni.
Po združitvi Egipta pod vladavino enega samega vladarja so številni bogovi posameznih regij in plemen države vstopili v skupni panteon, vendar je bila večina spoštovana le v okolju, kjer izvira njihov kult. Nekateri bogovi so postopoma pridobili skupen egipčanski pomen. Boginja Bastet, ki ima mačjo glavo, je nedvomno zrasla iz kulta čaščenja mačk kot varuhov zalog žita pred mišmi. Kmetijstvo je imelo v Egiptu veliko vlogovlogo, za razliko od denimo Helade, ki se je dvignila predvsem zaradi trgovine in vojaških osvajanj. Antropomorfni egipčanski bogovi so bili pogosto obdarjeni z glavo živali, na podlagi katere je nastal ta ali oni kult. Na primer, bog Thoth je imel glavo ibisa, boginja Sokhmet (Sekhmet) je imela glavo leva, Anubis je imel glavo psa.
Ko so se nekatera področja države dvignila, je prišlo do menjave dinastij ali do "selitve" prestolnice na nov kraj, so se spremenili tudi egipčanski bogovi "prvega ešalona". Zanimiva značilnost staroegipčanske religije je bila prisotnost velikega števila kozmogoničnih mitov (to je različic o nastanku sveta) in v vsakem kraju je lokalno božanstvo igralo glavno vlogo pri tej težki zadevi.
Egiptovski bogovi v tako velikem številu, ki so postali osnova za lokalni separatizem, nedvomno niso potrebovali niti ena država. Poleg tega so številni kulti zahtevali porabo velike količine materialnih sredstev, ki bi jih bilo mogoče z veliko večjo koristjo porabiti za notranjo ureditev države, za vzdrževanje vojske itd. Z velikim bogastvom in vplivom so duhovniški klani neposredno ogrozili edino moč faraona.
Upoštevajoč vse stvari, faraon Amenhotep IV, ki je prevzel ime Ehnaton, uvaja kult manjšega regionalnega božanstva Atona (pobožanstveni sončni disk) kot običajno egipčansko religijo. Toda vztrajnost tradicije je bila premočna in Ehnaton umre, preden dopolni štirideset let. Po najbolj prepričljivi različici je bilzastrupljen. Res je, da se preganjanje družine ni dotaknilo in njegova žena (slavna Nefertiti) je ostala živa mnogo let po moževi smrti.
Po perzijskem in kasneje helenskem prevzemu države egipčanski bogovi in boginje postopoma začnejo izgubljati svoj nekdanji vpliv, propadajo. Združujejo se z bogovi napadalcev. Na primer, Aleksander Veliki je bil v Egiptu spoštovan kot sin Zevsa-Amona, sinkretičnega egipčansko-helenističnega božanstva.
Ko so se egipčanski bogovi, katerih imena so imela tako lokalni kot mešani izvor, začeli umikati novi veri – krščanstvu, se je postopoma začela pozaba staroegipčanske pisave. V vladavini cesarja Konstantina je umrl zadnji nosilec egipčanske verske tradicije, po kateri so bila dolga stoletja imena staroegipčanskih bogov znana le iz spisov grških in rimskih zgodovinarjev. Toda oba sta se z egipčansko kulturo seznanila v času, ko je ta že pojenjala, in malo verjetno je, da so duhovniki tujce (pogosto agresivne) inicirali v skrivnosti svoje vere.
Arabski znanstveniki in Evropejci so večkrat poskušali razvozlati starodavne hieroglife, vendar brez uspeha. In šele na začetku devetnajstega stoletja je briljantni jezikoslovec Francois Champollion uspel najti ključ do dešifriranja egiptovskih besedil. Od tega trenutka se je začela sodobna doba preučevanja zgodovine in kulture starega Egipta.
